Театральная деятельность Михаила Григорьевича Щепенко началась в 1974 году, когда он организовал студенческий театральный коллектив, который, пройдя через период серьёзной студийной деятельности, стал с 1987 года Московским театром русской драмы. Все эти годы М.Г. Щепенко плодотворно трудился как режиссёр, артист, драматург, сценограф, умелый организатор, публицист и педагог. Им создано более 60 спектаклей, которые обладают неповторимыми стилевыми особенностями и позволяют говорить об особом феномене «Театра Щепенко». Оригинальны и неожиданны решения его спектаклей как на основе современной драмы («Однажды утром перед закатом», «Всегда театр!», «Прощание в июне», «Уравнение с двумя известными», «Фантазии Фарятьева» и т.д.), так и на основе классики («Царь Фёдор Иоаннович», «Женитьба?», «Сердце не камень», «Огни», «Конь вороной», «Необойдённый дом» и т.д.). Режиссёру подвластны психологическая драма («Ангел Скорбное понимание») и искромётный водевиль («Беда от нежного сердца»), романтическое представление («Выбор короля»), философский поэтический спектакль («И виждь, и внемли…»), трагикомедийное действо («Дон Жуан? Дон Жуан!..») и сценическое претворение житийной литературы («Муромское чудо»).
За постановку спектакля «Царь Фёдор Иоаннович» и исполнение главной роли в 1998 году М.Г. Щепенко стал лауреатом Премии Правительства Москвы в области литературы и искусства. За исполнение роли Царя Фёдора артист Щепенко завоевал звание лауреата ряда фестивалей «за лучшую мужскую роль».
Театр, руководимый М. Г. Щепенко, активно гастролирует, побывал во многих городах России, ближнего и дальнего зарубежья, является участником и лауреатом многих международных фестивалей: Московского Всемирного Собора, Фестиваля русской драматургии в ЧССР, фестивалей в Италии, Фестиваля «Золотой лев» во Львове, «Славянские театральные встречи» в Гомеле, «Золотой витязь», «Подмосковные вечера», премии Немировича-Данченко, премии Правительства Москвы и многих других.
Огромное место в деятельности М.Г. Щепенко занимает творчество для детей и молодёжи. Почти половина репертуара театра – для них.
Ведёт обширную педагогическую деятельность. Он является профессором Ярославского Государственного Театрального Института и Московского Государственного Педагогического Университета. Под его руководством выпущено 3 актёрских курса, ведётся работа с очередным набором студентов. Восьми его ученикам присвоено звание «Заслуженный артист РФ». В настоящее время М.Г. Щепенко также руководит режиссёрским курсом.
Является автором большого числа пьес («Однажды утром перед закатом», «По самому по краю», «И виждь, и внемли…», «Три брата», «Всегда театр!», «Сказка о прекрасной царевне со всеми вытекающими из этого последствиями» и других), автором очень многих инсценировок прозы и поэзии, которые с успехом идут на «Камерной сцене» и на сценах других театров.
Ведёт объёмную общественную деятельность, является членом Рабочей группы по сохранению и эффективному использованию культурного и духовного наследия Общественной Палаты РФ; Президентом Российской Ассоциации православных деятелей театра; постоянным участником общероссийского Оптинского форума; членом Секции «Гуманитарные науки и творчество» РАЕН; членом общественного Совета Управы Таганского района Москвы; руководителем работы двух секций в рамках Международных Рождественских образовательных чтений; соучредителем Международного театрального форума «Золотой витязь»; председателем жюри Московского Сретенского фестиваля; членом Совета творческих программ Федерации Мира и Согласия.
Имеет ряд государственных наград, в том числе Орден Дружбы, большое количество наград от общественный организаций, среди них медали Совета по общественным наградам ООН «За заслуги», «За силу духа Российского» и «Петра I», многие награды от Русской Православной Церкви, в том числе Орден святого благоверного князя Даниила Московского, Орден Святого Великомученика Феодора Стратилата, медаль «Пастырь добрый» и других.