Живя долгие годы в Кронштадте – цитадели русского флота, отец Иоанн всегда интересовался делами флота, был знаком со многими моряками и всегда своими молитвами помогал и окормлял их. Первые годы его служения пришлись на окончание Крымской войны 1853-1856 гг. В то время укреплением военно-морской крепости Кронштадта от неприятельского флота непосредственно занимался управляющий Морским министерством вице-адмирал великий князь Константин Николаевич. Он постоянно уделял внимание укреплению крепости Кронштадт (а в послевоенное время часто бывал там). Так «18 декабря 1856 года в Андреевском соборе в присутствии вице адмирала великого князя Константина Николаевича и его свиты состоялось освящение шести Георгиевских знамен…, участвующих в 11-месячной обороне Севастополя» . Чин освящения совершал настоятель собора протоиерей В.К. Некарьевский со священниками М.М. Веселовским и И.И. Сергиевым (о. Иоанном Кронштадтским). Сохранились воспоминания морских офицеров о батюшке. Бывший ученик, адмирал Дмитрий Владимирович Никитин, участник русско-японской войны, вспоминал: «В гимназии идет урок Закона Божия. После молитвы за преподавательский стол садится отец Иоанн. На его щеках играет румянец. Огнем, но огнем доброты и приветливости горят его светло-голубые глаза. Этих глаз не забудет никто, кто их видел… В моей памяти живет до сих пор отец Иоанн, мой законоучитель, друг моей семьи, частый гость в нашем доме и на редкость милый и бесконечно добрый человек» . Отец Иоанн всегда близко к сердцу принимал проблемы моряков. Он с огромной радостью поддержал инициативу главного командира Кронштадтского порта вице-адмирала Николая Ивановича Казнакова о строительстве в Кронштадте морского собора взамен старой церкви Богоявления, пришедшей в ветхость. Адмирал считал, что будущий храм должен быть не только местом молитвы, но и памятником, ибо Кронштадт есть колыбель русского флота.