По окончании Академии Иоанн Кочуров в соответствии с его давним желанием был направлен на миссионерское служение в Алеутскую и Аляскинскую епархию. В Америке он был рукоположен в священнический сан и назначен настоятелем церкви святого Владимира в городе Чикаго. Уже в первые три года своего приходского служения отцом Иоанном были присоединены к православной церкви 86 униатов и 5 католиков, а число постоянных прихожан возросло до 215 человек в Чикаго и 88 человек в Стриторе. При обоих храмах работали детские церковные школы. Отец Иоанн организовал в Чикаго Свято-Никольское и Трех-Святительское братства, целью которых была социальная и материальная взаимопомощь среди прихожан. Для этой же цели было организовано Православное общество взаимопомощи. Отец Иоанн Кочуров решил строить в Чикаго собор. Это было поистине рискованное решение – в чужой, далекой стране, с бедным и малочисленным приходом решиться на такое ответственное и дорогостоящее предприятие. Возведение нового храма благословил святитель Тихон, будущий российский патриарх, он же и освятил собор спустя 3 года. Вскоре отец Иоанн по своему прошению получил увольнение от службы в Алеутской и Североамериканской епархии и в июле 1907 года вернулся в Россию, где и принял мученическую кончину, став первым священнослужителем, который пал от рук безбожников.