Храм  основан в самом начале XI века, и основателем его был Баграт III – первый царь объединенной Абхазии.   Сын Гургена II, представитель династии Багратионов. С первых же дней царствования Баграта III выявились разногласия между царем и родовитыми азнаурами. Баграт, приемный сын Давида Курапалата, был внуком картвельского царя Баграта II и племянником царя абхазов. Таким образом, Баграт являлся наследником трех престолов, что имело очень важное значение. Также большое значение придавалось его личным качествам.

Баграт III большое значение придавал присоединению Кахети и Эрети. После двухлетней войны в 1008–1010 годах Баграт присоединил их и поставил там своих эриставов. С этих пор Баграт III величался «царем абхазов, картвелов, ранов и кахов».

Бедийский храм Баграт III построил, и освятил  в 1003 году, там было и  царское погребение.